Knowing that you have checked the driver and that it works correctly, I think I know where the problem with the movement of articulation3 may be. Have you tensioned the open belt using the tensioners inside the Art2BodyA part? If the belt was not tensioned, it could cause the effect shown in the video.
On the other hand, regarding the separation of art2 from art1, this has happened to me. It may be that the play that the second articulation has over the first one is excessive and causes a sufficient displacement so that the gears do not make contact. Make sure that the Art2BodyUnion piece is well tightened and that the rods of the axis that joins both articulations have the correct measures. If after this the excessive backlash is not resolved, you could try increasing the length of the shaft opposite the motors slightly, to force the contact between gears. In case it helps, user imernchavez posted on this post http://thor.angel-lm.com/forums/topic/suction-cup-tool/ a modification to add a bracket to art2 that helps support the weight of the arm and that may be of help to you. This is the piece: https://github.com/AngelLM/Thor/blob/developer/stl/mods/SupportRoller.stl
Best regards!
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Sabiendo que habéis comprobado el driver y que este funciona correctamente, creo que ya se donde puede estar el problema con el movimiento de la articulación 3. ¿Habéis tensado la correa abierta utilizando los tensores del interior de la pieza Art2BodyA? Si la correa no estuviese tensa, podría provocar el efecto que aparece en el video.
Por otro lado, respecto a la separación de la articulación 2 de la 1, a mi si me ha pasado. Puede que el juego que tiene la segunda articulación sobre la primera sea excesivo y provoque un desplazamiento suficiente como para que no engrane. Aseguraos que la pieza Art2BodyUnion está bien apretada y que las varillas del eje que une ambas articulaciones tienen las medidas correctas. Si tras esto el juego excesivo no se soluciona, podríais probar a incrementar ligeramente la longitud del eje contrario a los motores, para forzar el contacto entre engranajes. Por si ayuda, el usuario imernchavez publicó en este post http://thor.angel-lm.com/forums/topic/suction-cup-tool/ una modificación para añadir un soporte a la articulación 2 que ayuda a soportar el peso del brazo y que puede serte de ayuda. Esta es la pieza: https://github.com/AngelLM/Thor/blob/developer/stl/mods/SupportRoller.stl
Un saludo!